Hệ thống VNACCS/VCIS do Chính phủ Nhật Bản viện trợ không hoàn lại với trị giá gần 2,7 tỷ Yên là hệ thống xử lý thông tin tập trung cả 3 khâu: trước, trong và sau thông quan. Hệ thống này cho phép kết nối giữa cơ quan hải quan với các DN, các bộ ngành, ngân hàng, hãng vận tải, đại lý hải quan, công ty logictics, cơ quan quản lý cảng, kho bãi… nhằm thực hiện thủ tục hải quan điện tử và cơ chế một cửa quốc gia.

Theo đánh giá của các DN XK thủy sản từ khi VNACCS/VCIS đưa vào ứng dụng đã giảm được nhiều thủ tục hành chính phiền hà, phức tạp, giảm thời gian chờ thông quan, hạn chế giấy tờ, tiết kiệm thời gian… và nâng cao sức cạnh tranh cho DN. Tuy nhiên, do thời gian triển khai gấp gáp trong khi hệ thống cơ sở dữ liệu chưa đồng bộ… đã gây ra nhiều khó khăn và thiệt hại không nhỏ cho các DN thủy sản.

Hiện nay, nhiều container hàng thủy sản vẫn còn bị ứ đọng tại cảng biển. Một số DN cho biết, hàng NK đã về cảng 2 ngày nhưng DN vẫn không nhận được do cảng không có chỗ để chuyển container. Do vậy, các tàu chở hàng XK cũng không thể khởi hành đúng ngày do hàng nhập trên tàu không dỡ kịp. Nếu tình trạng chậm trễ này còn kéo dài trong nhiều ngày tới sẽ ảnh hưởng lớn đến việc sắp xếp hàng lên tàu mẹ ở những cảng biển chuyển tải như: Singapore, Hong Kong…

Trong thời gian gần đây, Văn phòng Hiệp hội  VASEP liên tục nhận được những phản ánh của các DN hội viên về những vướng mắc về thủ tục khai báo hải quan qua hệ thống VNACCS/VCIS khiến nhiều lô hàng đang bị dồn ứ tại cảng và phải chịu nhiều khoản phí “nằm chờ”.

Ngày 25/6/2014, sau khi tập hợp các khó khăn của DN hội viên trong 3 tháng triển khai thông qua hệ thống VNACCS/VCIS, VASEP đã gửi Công văn số 119/2014/CV-VASEP tới Tổng cục Hải quan kiến nghị tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho các DN XK thủy sản.

Theo phản ánh của một số DN, vì lý do khách quan như: lịch tàu thay đổi, tắc đường nên xe container lạnh không thể đến cảng trước thời gian thông báo của các hãng tàu. Trong trường hợp này, DN buộc phải chuyển container sang các tàu khác. Do đó, tên tàu trên tờ khai và tàu thực tế không giống nhau. Tuy nhiên, đối với đặc thù ngành thủy sản thì trường hợp này thường xuyên xảy ra. Trường hợp có sự thay đổi thì cơ quan Hải quan sẽ không thanh lý và đề nghị DN phải khai bổ sung tại Hải quan cửa khẩu. Theo quy định, tờ khai đã thông quan muốn khai bổ sung thì cơ quan hải quan sẽ giải quyết trong 5 ngày làm việc. Sự chờ đợi này buộc DN phải chịu chi phí lưu container, lưu bãi rất lớn và DN không chủ động được thời gian đóng hàng. Hơn thế nữa, các DN buộc phải khai bổ sung thường xuyên lại bị cập nhật sang hệ thống rủi ro hải quan. Các DN cho rằng, để giải quyết vướng mắc này, cơ quan hải quan nên cho DN được thực hiện như trước đây là không khai số container, seal vào tờ khai cho tới khi lên cảng thanh lý ghi tay vào tờ khai XK.

Nhằm tăng cường công tác quản lý đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất và hàng nông, lâm, thủy, hải sản XK, Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan đã gửi Công văn số 6006/TCHQ-GSHQ chỉ đạo Hải quan địa phương thực hiện nhiều biện pháp quản lý, trong đó có biện pháp tăng cường trách nhiệm của Lãnh đạo Chi cục trong công tác giám sát XK hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất và hàng nông, lâm, thủy hải sản bằng cách kiểm tra, ký tên đóng dấu xác nhận bên cạnh chữ ký và dấu công chức của công chức thừa hành. Theo phản ánh của các DN XK thủy sản, quy định này việc thanh lý hạ bãi thực xuất sẽ mất nhiều thời gian, chi phí đi lại và làm chậm tiến độ lấy chứng nhận xuất xứ C/O và những chứng từ khác. Bởi phần lớn các container được hạ bãi vào ban đêm trong khi không có lãnh đạo trực đêm để ký đóng dấu xác nhận hàng đã qua khu vực giám sát. Hơn thế, phần lớn các cảng hạ bãi thường cách xa DN nên việc đi lại rất mất thời gian và tốn kém.

Sau một tuần áp dụng khai báo VNACCS thì số lượng DN thủy sản bị “rớt” container do việc thay đổi mã cảng thanh lý liên tục trong thời gian qua là rất lớn. Đa số các DN đang gặp khó khăn trong việc khai báo “mã địa điểm lưu kho hàng chờ thông quan dự kiến hay gọi là mã cảng” trong phần thông tin chung của VNACCS. Mã này được TCHQ cập nhật sẵn trong chương trình VNACCS. Tuy nhiên, mã này hay bị thay đổi và đôi khi cũng rất khó để xác định mã nào trong cơ sở dữ liệu của chương trình VNACCS để áp dụng cho chính xác. Khi đó DN sẽ gặp khó khăn và thậm chí phải hủy tờ khai trong trường hợp áp mã cảng không chính xác.

Trước đây khi chưa áp dụng khai VNACCS, số lượng tờ khai cho 1 bộ hàng xuất, nhập khoảng 2-3 tờ A4, nhưng kể từ khi áp dụng khai VNACCS thì 1 bộ tờ khai hàng xuất, nhập lên đến khoảng 10 tờ A4 do có rất nhiều thông tin không cần thiết được đưa vào tờ khai, làm mất rất nhiều thời gian của DN và dễ nhầm lẫn.

Với các lô hàng NK bị thông báo nợ cưỡng chế thì hệ thống VNACCS sẽ không có làm tờ khai hải quan trong khi trên thực tế không phải do DN không nộp thuế quá hạn mà chỉ do hệ thống chưa được cập nhật. Khó khăn này cũng làm mất thời gian và gây thêm phiền hà cho DN chấp hành tốt về luật thuế.

Hiện nay, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố vẫn đang tích cực hỗ trợ tối đa và kịp thời cho DN thủy sản trong quá trình làm thủ tục hải quan tên hệ thống VNACCS/VCIS. Tuy nhiên, sự chuẩn bị chưa đầy đủ và hệ thống cơ sở dữ liệu làm thủ tục thông quan điện tử chưa đồng bộ sẵn sàng cho việc triển khai. Do đó, tại nhiều cảng biển các DN XK thủy sản đang bị ách hàng và mất thêm nhiều thời gian, nhân lực chi phí. Các DN thủy sản không khỏi lo lắng và rất cần cơ quan hải quan có biện pháp xử lý kịp thời và thông suốt.